Dalam membranding Geopark Natuna agar mudah dikenal dan diingat, Badan Pengelola Geopark Natuna meluncurkan logo dari Geopark Nasional Natuna. Logo yang diresmikan terlihat unik dengan memadukan unsur-unsur pelengkap Geopark yang ada di Natuna seperti geologi, budaya dan hayati.
Logo Geopark Natuna terdiri dari perpaduan logogram dan logotype yang sekilas berbentuk rumah. Masing-masing konten dalam logo memiliki arti bagi perkembangan Geopark Natuna ke depan. Untuk lebih jelasnya bisa kita lihat pada penjelasan di bawah ini:
- Desain melengkung berwarna hijau merepresentasikan gunung yang merupakan landmark kota, sekaligus melambang Natuna yang kaya akan sumber daya alam, flora dan fauna.
- Abstrak berbentuk kupu-kupu melambangkan hewan endemik Natuna dan beberapa masuk kategori langka.
- Tulisan Geopark dengan desain tikar Natuna melambangkan kerajinan khas masyarakat Natuna
- Kepala Kekah merupakan hewan endemik yang menjadi ikon Natuna, Kekah juga merupakan satu-satu hewan asli Natuna dengan nama Presbytis Natunae.
- Tulisan Natuna yang menyamai branding wisata Natuna dengan campuran warna coklat terang dan coklat gelap melambang kekayaan geologi yang dimiliki Natuna.
- Gelombang di tengah-tengah tulisan Natuna melambangkan Natuna merupakan daerah maritim dengan sumber daya lautnya yang luar biasa.